Punto per punto:
1) chiudi Thunderbird e vai alla cartella "Mail" dove sono i tuoi messaggi (C:\Users\utente\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\xxx.default\) ;
2) copia e incolla la cartella "Mail" in un'altra posizione (es.: sul desktop) oppure rinomina la cartella come "Mail_000";
3) taglia e incolla (anche sul desktop) il file "prefs.js" (qui dentro ci sono le indicazioni per Thunderbird per andare a prendere la posta nelle giuste cartelle) oppure rinomina il file in "prefs.js.OLD";
4) adesso la situazione è Thunderbird (ancora chiuso) non è più in grado di puntare alla cartella della posta (Mail), perché non ha più il "ponte" per arrivarci (il file "prefs.js") ;
5) avvia Thunderbird, ti comparirà la schermata per ricominciare da zero la configurazione dei vari account;
6) provvedi a reinserire le impostazioni per le diverse caselle di posta elettronica... le medesime precedenti impostazioni (in questo modo Thunderbird passerà ad un nuovo file "prefs.js" i vari path per arrivare alle cartelle che, automaticamente, verranno ricreate sotto una nuova "Mail") ;
7) finita l'opera di configurazione ex novo, entrando dentro "Mail", troverai una struttura corrispondente a tutti gli account creati (è possibile che, allo stato attuale, Thunderbird "ricordi" i contenuti delle vecchie cartelle perché non ha ancora ricostruito l'indice, cosa che farà, facendo semplicemente clic con il pulsante sinistro del mouse sulle varie cartelle di posta... ma per questo vedremo avanti!) ;
8) esci da Thunderbird, a questo punto il file "prefs.js" dovrebbe essere in grado di puntare correttamente alle varie cartelle contenute dentro "Mail";
9) rinomina l'attuale "Mail" in "Mail_001";
10) riporta l'originaria cartella "Mail_000" qui dentro, cambiando anche a questa il nome e facendola ritornare "Mail";
11) apri Thunderbird;
12) se hai ridato le medesime impostazioni, sarà sufficiente cliccare sopra le varie cartelle dei diversi account per far "ricostruire l'indice" a Thunderbird e rivedere comparire magicamente tutti i tuoi messaggi (almeno, facendo le prove mentre scrivevo, così è accaduto per me... ho rischiato con la mia posta!!!).
Se, dopo aver cliccato nelle varie cartelle dei diversi account, le mail non dovessero ricomparire, ultima chance:
12.1) apri Thunderbird;
12.2) Strumenti -> Impostazioni account;
12.3) vai nella scheda "Impostazioni server" del primo account e controlla il path in corrispondenza di "Cartella locale", eventualmente clicca sul pulsante "Sfoglia" e vai alla ricerca della cartella di posta corretta;
12.4) ripeti il precedente punto per tutti i tuoi account;
12.5) vai in "Cartelle locali" e, anche qui, controlla il path corrispondente alla voce "Cartella locale", se necessario, premi "Sfoglia" e cerca la cartella giusta.
Finale: spera!
Perché non saltare tutto, dal punto 1 al punto 12.3? Perché hai bisogno di ricostruire il "puntatore" di Thunderbird, ossia il file "prefs.js".
Se riesci a modificarlo "a mano", tanto di guadagnato... altrimenti, ti toccherà tutta la pappardella sopra indicata.